Un cas de mpox en Inde identifié comme la première infection connue par une souche recombinante Ib et IIb

Une infection de septembre révèle une lacune plus vaste dans la surveillance

Un homme ayant développé des symptômes de mpox le 1er septembre 2025 alors qu’il travaillait dans la péninsule Arabique a été identifié comme le cas connu le plus ancien d’infection par un virus recombinant contenant du matériel génétique de deux lignées de mpox, les clades Ib et IIb. Son infection a été confirmée en Inde le 11 septembre, mais sa composition génétique inhabituelle n’a été mise en évidence qu’après l’identification d’un virus apparenté au Royaume-Uni et son ajout à une base de données mondiale.

L’Organisation mondiale de la Santé indique que les virus indien et britannique étaient génétiquement similaires à plus de 99,9 %. Les deux patients se sont rétablis sans évolution grave, et le traçage des contacts n’a révélé aucun cas secondaire dans l’un ou l’autre pays. Leurs historiques de voyage suggèrent toutefois que la circulation de la souche dépasse ces deux détections.

Dans son bulletin sur l’épidémie de mpox, l’OMS a estimé que la transmission de la souche recombinante concernait déjà au moins quatre pays dans trois régions de l’OMS. Les deux patients confirmés avaient voyagé depuis différentes régions d’Asie, ce qui fait de leurs infections étroitement apparentées un signal important pour la surveillance internationale.

L’enquête indienne, menée par des chercheurs de l’Institut national de virologie du Conseil indien de la recherche médicale, à Pune, avec des partenaires cliniques au Kerala et à Pondichéry, a été publiée dans Nature Microbiology. Les chercheurs ont reconstitué la quasi-totalité du génome viral et cultivé le virus vivant à partir de l’échantillon du patient.

Le défi immédiat est pratique : les tests de routine ont détecté le mpox, mais les tests destinés à déterminer son groupe génétique ont donné des classifications initiales différentes en Inde et au Royaume-Uni. C’est le séquençage du génome du virus qui a révélé le lien.

Comment le cas indien a été reclassé

Le patient indien était un travailleur expatrié résidant dans un pays de la péninsule Arabique. Il y est tombé malade avant de rentrer en Inde, où un test PCR a confirmé une infection par le virus de la variole du singe. La PCR détecte des fragments spécifiques de l’ADN viral et constitue la principale méthode de laboratoire utilisée pour diagnostiquer le mpox.

Un test complémentaire réalisé le 15 septembre a d’abord classé son virus dans le clade II. Une première analyse de sa séquence génétique a également suggéré le clade IIb, la lignée à l’origine de l’épidémie mondiale qui a débuté en 2022.

Le tournant est survenu le 16 décembre 2025, lorsque la base de données mondiale Nextclade a été mise à jour pour inclure le virus recombinant identifié au Royaume-Uni. Une nouvelle analyse a classé le virus indien dans la même souche recombinante. L’Inde a informé l’OMS le 13 janvier 2026.

La chronologie explique pourquoi le Royaume-Uni a signalé la souche en premier, alors que l’infection connue la plus ancienne avait été détectée en Inde :

• 1er septembre 2025 : le patient indien développe des symptômes à l’étranger.
• 11 septembre : un test PCR réalisé en Inde confirme le mpox.
• 15 septembre : un test de différenciation des clades identifie d’abord le clade II.
• 29 septembre : après s’être rétabli sans complication médicale, le patient est testé négatif.
• Octobre : le patient britannique rentre d’un pays de la région Asie-Pacifique.
• Décembre : le Royaume-Uni signale le virus recombinant, intégré à Nextclade le 16 décembre.
• 13 janvier 2026 : l’Inde informe l’OMS du cas recombinant identifié rétrospectivement.

L’OMS indique que l’apparition des symptômes chez le patient indien a précédé de plus de deux mois celle du patient britannique. L’identification a reposé sur le rapprochement de données génétiques au-delà des frontières, et non sur les seuls symptômes de l’un ou l’autre patient.

Qu’est-ce qu’un virus recombinant ?

Le virus de la variole du singe, abrégé MPXV, comprend deux principaux groupes génétiques, les clades I et II. Ceux-ci se subdivisent en Ia, Ib, IIa et IIb. Le clade Ib est apparu au Sud-Kivu, en République démocratique du Congo, en 2023, puis s’est propagé à l’international. Le clade IIb a provoqué l’épidémie mondiale qui a débuté en 2022.

Une recombinaison peut se produire lorsque deux virus apparentés infectent la même cellule et échangent du matériel génétique en se répliquant. Le virus qui en résulte peut contenir des segments d’ADN hérités de chacun des deux virus parentaux, comme un document composé de passages tirés de deux versions antérieures.

Les poxvirus possèdent de grands génomes constitués d’ADN double brin, et les échanges génétiques font partie de leur biologie. Dans ces cas, les chercheurs ont observé une alternance de blocs associés au clade Ib et de blocs associés au clade IIb.

L’analyse indienne a identifié, le long d’un même génome, des mutations caractéristiques des deux lignées parentales. Les chercheurs ont également comparé des segments isolés à des séquences de référence. Différents segments se sont regroupés avec différents clades parentaux, ce qui confirme que le génome était une mosaïque.

Ce que révèle la comparaison génétique

L’Inde a reconstitué plus de 99 % du génome à partir de l’échantillon clinique et d’un isolat viral cultivé à partir de celui-ci. L’OMS a signalé une similarité de plus de 99,9 % entre les séquences recombinantes indienne et britannique, ce qui étaye l’existence d’une histoire évolutive commune.

L’étude indienne décrit 34 tractus recombinants, c’est-à-dire des segments continus hérités de l’une ou l’autre lignée parentale, ainsi que 21 mutations associées à la lignée recombinante. Elle indique que le virus britannique comptait lui aussi 34 tractus ; dans sa comparaison, l’OMS en a dénombré 34 dans la séquence indienne et 28 dans la séquence britannique, dont 16 communs.

Les chercheurs ont utilisé plusieurs méthodes pour examiner les liens entre les virus. Les comparaisons des génomes complets ont situé les deux virus recombinants ensemble, entre les groupes parentaux. Un réseau génétique a produit une structure en forme de boîte, une manière de représenter des liens impliquant des échanges d’ADN qui ne s’insèrent pas clairement dans un arbre généalogique ramifié unique.

Le lien le plus fort est donc celui qui unit les deux virus. Leur grande similarité et leur structure mosaïque commune indiquent qu’une lignée recombinante apparentée circulait avant que l’un ou l’autre pays ne la détecte.

L’importance de cultiver le virus vivant

L’équipe de Pune ne s’est pas limitée à l’analyse de l’ADN. Les chercheurs ont introduit du matériel clinique dans des cellules Vero CCL-81, couramment utilisées dans les laboratoires de virologie, et ont observé des lésions associées à la réplication virale dès le troisième jour du deuxième passage en laboratoire. Ils ont répété l’expérience trois fois et obtenu des résultats cohérents.

L’obtention d’un virus vivant a renforcé la conclusion selon laquelle la séquence mosaïque appartenait à un virus capable de se répliquer. L’équipe a déposé les séquences de l’échantillon clinique et de l’isolat dans des bases de données génétiques publiques, notamment Pathoplexus et celles participant à la Collaboration internationale des bases de données de séquences nucléotidiques.

Les chercheurs britanniques ont également vérifié leurs résultats à plusieurs reprises. Ils ont séquencé le matériel de l’échantillon d’origine, une nouvelle extraction de cet échantillon, un autre écouvillon prélevé au même moment et un isolat cultivé. Ces procédures ont produit des séquences identiques du génome viral.

Les isolats vivants fournissent aux laboratoires du matériel pour la prochaine étape de la recherche : mesurer la vitesse de croissance du virus, sa réaction aux antiviraux et la façon dont les anticorps le reconnaissent. Les autorités britanniques poursuivent les études sur les propriétés biologiques du virus recombinant.

Pourquoi les tests de routine ont donné des classifications différentes

Le virus indien a d’abord été classé dans le clade II, tandis que le virus britannique a d’abord été classé dans le clade Ib. Le séquençage du génome a ensuite permis d’identifier les deux virus comme des recombinants étroitement apparentés.

Un test PCR de diagnostic recherche de courts segments précis du matériel génétique. Un test de différenciation des clades examine des marqueurs servant à distinguer les groupes viraux. Si un virus recombinant porte un marqueur du clade Ib dans une partie de son génome et du matériel du clade IIb ailleurs, sa classification peut dépendre du segment examiné par le test.

Pour les laboratoires, cela distingue le diagnostic de la maladie de la caractérisation précise du virus. Le mpox a été confirmé chez les deux patients, mais une classification génétique plus complète a nécessité des analyses supplémentaires.

L’OMS indique que la PCR de différenciation des clades, à elle seule, peut ne pas permettre d’identifier les souches recombinantes de manière fiable. L’Inde utilise des tests généraux pour les orthopoxvirus et le MPXV, suivis d’une différenciation des clades, et séquence les cas positifs. Le Royaume-Uni séquence tous les échantillons identifiés comme appartenant au clade Ib ainsi que certains échantillons identifiés comme appartenant au clade IIb.

Les chercheurs indiens ont décrit une méthode d’investigation des recombinants présumés. Des résultats inattendus ou contradictoires aux tests de clade justifient un examen du génome entier. Leur expérience montre également l’intérêt de réexaminer d’anciennes séquences lorsqu’une souche nouvellement identifiée est ajoutée à une base de données partagée.

Deux patients rétablis, un signal géographique plus large

Le patient indien a été hospitalisé, s’est rétabli sans complication et a été testé négatif le 29 septembre. Il a indiqué n’avoir eu aucun contact proche en Inde, et les autorités sanitaires n’ont identifié aucune infection secondaire.

Le patient britannique n’a pas non plus présenté de forme grave. Un petit nombre de contacts ont été suivis, et aucun n’a développé de symptômes cliniques du mpox. Les soignants qui se sont occupés du patient portaient des équipements de protection individuelle complets ; les contacts ont reçu des conseils, se sont vu proposer une vaccination et ont été surveillés pour détecter d’éventuels symptômes.

L’estimation de l’OMS, qui fait état d’une présence dans au moins quatre pays, prend en compte les deux pays où les cas ont été détectés et les historiques de voyage des patients. Le lieu d’origine de la souche, la voie reliant les infections et ses effets biologiques sur la transmission ou la gravité de la maladie restent inconnus.

Les deux patients présentaient des symptômes compatibles avec le mpox causé par d’autres clades. L’OMS n’a pas modifié son évaluation du risque pour la santé publique : le risque est modéré pour les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes ayant de nouveaux ou de multiples partenaires, ainsi que pour les travailleurs du sexe et les autres personnes ayant de nombreux partenaires sexuels occasionnels ; il est faible pour la population générale sans facteur de risque particulier.

Ce que cela signifie pour les personnes exposées

Le mpox se transmet principalement par contact physique étroit, y compris lors de rapports sexuels, et peut aussi se propager par l’intermédiaire de matériels contaminés. Les symptômes peuvent inclure de la fièvre, une hypertrophie des ganglions lymphatiques ainsi que des lésions cutanées ou des muqueuses. Certaines personnes ne présentent que quelques lésions, ce qui complique le diagnostic précoce.

Katy Sinka, responsable des infections sexuellement transmissibles à l’UKHSA, a souligné que les tests génomiques permettent de détecter rapidement les changements du virus. Elle a également appelé les personnes éligibles à se faire vacciner, rappelant que le mpox peut parfois provoquer une maladie grave.

Le programme de vaccination de routine du Royaume-Uni cible les groupes éligibles les plus exposés, notamment les personnes ayant plusieurs partenaires sexuels et celles participant à des rapports sexuels en groupe. Les études citées dans les recommandations vaccinales estiment la protection contre le clade II à environ 75 à 80 %, et une protection contre le clade Ib est également attendue. L’étude de la réponse du virus recombinant à l’immunité fait partie des travaux de laboratoire encore nécessaires.

Depuis octobre 2024, des infections par le clade Ib ont été identifiées à Londres, dans l’East Sussex, à Leeds et dans le nord-est de l’Angleterre, avec une transmission limitée au sein de foyers dans certains groupes de cas. Parmi les autres pays ayant signalé le clade Ib figurent les États-Unis, l’Espagne, l’Italie, les Pays-Bas et le Portugal. Ces détections constituent le contexte plus large de la surveillance, aux côtés des deux cas de virus recombinant reconnus.

L’OMS continue de recommander la vaccination des personnes exposées, un diagnostic rapide, des soins cliniques adaptés et des mesures de lutte contre les infections. Elle recommande également d’intégrer les services de prise en charge du mpox aux soins liés au VIH et aux infections sexuellement transmissibles, notamment en proposant un dépistage précoce du VIH et un accès au traitement si nécessaire.

Les prochaines mesures recommandées par l’OMS aux laboratoires

L’OMS recommande de séquencer des échantillons de chaque cas confirmé au début d’une épidémie. Lorsque la transmission communautaire est établie, elle recommande de séquencer un échantillon représentatif d’au moins 10 % des cas confirmés, soit au moins un cas sur dix.

Les infections importées, les cas inhabituels ou graves et ceux associés à des déplacements pertinents sont prioritaires pour une étude génétique approfondie. Le partage rapide des séquences permet aux laboratoires d’autres pays de comparer les nouveaux résultats et de réexaminer les classifications précédentes, comme cela a été fait pour l’échantillon indien.

L’OMS a formulé directement ses recommandations en matière de voyage :

Au vu des informations disponibles sur l’événement décrit dans le présent rapport, l’OMS recommande de n’appliquer aucune restriction aux voyages vers les pays cités ni aux échanges commerciaux avec ces pays.

Le 5 septembre 2025, le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a annoncé que le mpox ne constituait plus une urgence de santé publique de portée internationale. Les obligations de surveillance et de riposte restent en vigueur dans le cadre des recommandations permanentes prolongées jusqu’en août 2026.

Le cas indien donne un objectif concret à ces obligations. Les soins cliniques ont permis au patient de surmonter la maladie, les tests de routine ont détecté le mpox, le séquençage a révélé le génome inhabituel et la mise à jour d’une base de données internationale a fourni le lien nécessaire pour le caractériser correctement.

Points clés

• Le patient indien a développé des symptômes le 1er septembre 2025, ce qui fait de son infection le cas connu le plus ancien de détection de la souche recombinante Ib/IIb.
• Les séquences virales indienne et britannique étaient similaires à plus de 99,9 %, ce qui étaye l’existence d’une histoire évolutive commune.
• Les deux patients se sont rétablis sans évolution grave, et le traçage des contacts n’a révélé aucun cas secondaire.
• Les tests de clade initiaux ont donné des classifications différentes ; le séquençage du génome a révélé le lien recombinant.
• Selon l’OMS, la transmission de la souche concerne au moins quatre pays dans trois régions.
• L’évaluation du risque de l’OMS reste inchangée. Elle recommande de poursuivre le séquençage, de vacciner les personnes exposées et de n’imposer aucune restriction aux voyages ni aux échanges commerciaux.